Trong trường hợp chức vụ Bộ trưởng Quốc phòng bị bỏ trống (cách chức, từ chức hay khởi tố và bắt tạm giam, đột ngột qua đời) thì Thứ trưởng Thường trực Bộ Quốc phòng kiêm Tổng Tham mưu trưởng Quân đội nhân dân Việt Nam giữ quyền Bộ trưởng. Bộ trưởng tạm quyền có đầy đủ quyền hành như Bộ trưởng cho đến khi Quốc hội bầu ra Bộ trưởng mới. Khi Bộ trưởng không làm việc được trong thời gian dài hay bị đình chỉ chức vụ tạm thời thì Thứ trưởng Thường trực Bộ Quốc phòng kiêm Tổng Tham mưu trưởng Quân đội nhân dân Việt Nam giữ quyền Bộ trưởng cho đến khi Bộ trưởng trở lại làm việc.